La maestría en ciencias tiene dos orientaciones: Ciencias agropecuarias y Manejo de recursos naturales tropicales. Los perfiles de egreso están definidos como sigue:

Competencia 1: Diseñar y desarrollar proyectos de investigación relacionados con el manejo de recursos naturales tropicales o con las ciencias agropecuarias.

Competencia 2: Difundir a la comunidad científica y al público en general, los conocimientos, experiencias adquiridas en el proceso de investigación en los diferentes foros y medios de comunicación a su alcance utilizando el formato de divulgación adecuado a la audiencia objetivo.

Es deseable que los egresados cuenten con las actitudes de: capacidad crítica y autocrítica; responsabilidad; tolerancia a ideas y culturas diferentes; disposición al trabajo de equipo; sensibilidad a los problemas sociales; deseo constante de superación y con los valores dehumildad; honestidad; solidaridad; respeto; así como conducirse en su ámbito profesional en forma ética.