La Escuela de Medicina Veterinaria y Zootecnia se fundó el 25 de septiembre de 1970, en el antiguo hospital del Niño, que se encuentra ubicado en la calle 35 por 62, de la Ciudad de Mérida, Yucatán, México.
Las primeras instalaciones que se utilizaron fue una oficina del Laboratorio de Fisiología, de la Facultad de Medicina de la misma Universidad. En enero de 1975 la Facultad se trasladó a las instalaciones que actualmente ocupa.
La escuela ofertó inicialmente la Licenciatura en Medicina veterinaria y Zootecnia, posteriormente, en 1985 inició la Licenciatura en Biología y después, en 2006, se incorporaron los programas de Licenciatura en Agroecología y Biología Marina.
Durante 1978 se creó la Unidad de Posgrado e Investigación.En 1978 la Escuela de Medicina Veterinaria y Zootecnia se transformó en Facultad con el inicio de los cursos de Maestría en Ciencia Animal que estaba enfocada a la investigación de la nutrición animal y forrajes. Diez después (1988), surgió la Maestría en Reproducción Animal. Posteriormente ambos planes se fusionaron para dar lugar a la Maestría en Producción Animal Tropical (1990). Durante 1994, inició la Maestría en Ciencias sobre Manejo y Conservación de Recursos Naturales Tropicales, en 1996 inició el Doctorado en Ciencias Agropecuarias. En 2008 se inició la Maestría en Producción Ovina Tropical y en 2009 el Posgrado Institucional en Ciencias Agropecuarias y Manejo de Recursos Naturales Tropicales, que unificó todos los programas de posgrado de maestría y doctorado que se ofertaban (excepto la Maestría en Producción Ovina Tropical).

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